Acho que a única maneira segura de fazer isso seria desinstalar seus aplicativos e reinstalá-los na unidade D:, embora os arquivos principais do Windows ainda sejam gravados na unidade C: (supondo que você tenha o Windows instalado na unidade C:)
Isso provavelmente não é o que você queria ouvir. Eu não estou ciente de um programa que seria capaz de fazer isso para você, pois seria necessário saber como cada aplicativo foi colocado juntos, quais arquivos ele acessou e quais chaves de registro ou outros arquivos de configuração ele usa.