Aqui está uma maneira: listar todos os arquivos regulares, remover os nomes básicos dos arquivos e remover duplicatas.
find . -type f | sed 's!/[^/]*$!!' | sort -u
Se você deseja remover o ./
:
find . -type f | sed -e 's!/[^/]*$!!' -e 's!^\./!!' | sort -u