O Skype atualmente não funciona bem no Ubuntu. Um trabalho em torno de sua situação atual seria matar todas as instâncias do Skype, por exemplo. pkill skype
ou killall skype
e, em seguida, inicie o Skype novamente.
Se você quiser evitar isso no futuro, não feche o Skype, apenas minimize-o.
Como uma alternativa, você pode querer experimentar o wrapper skype como descrito aqui . Tanto quanto eu sei, este wrapper deve ser capaz de lidar com a sua situação também.