A maneira como você limita quantos arquivos são transferidos (carregados ou baixados) de uma só vez é definindo simult_transfers para algo menor que o padrão de 10 na seção __main__ do arquivo de configuração syncdaemon.conf e reiniciando o syncdaemon .
Você pode editar o arquivo de configuração do sistema, /etc/xdg/ubuntuone/syncdaemon.conf , ou o arquivo de configuração do usuário ~/.config/ubuntuone/syncdaemon.conf (ou criar um arquivo lá, se não existir um). Eu encontrei 3 é um bom valor de compromisso para quando estou no 3G; YMMV. Se você não tem um usuário syncdaemon.conf e não quer editar o sistema, você quer criar um arquivo que pareça
[__main__]
simult_transfers = 3
Se o arquivo já existir, basta adicionar a linha simult_transfers sem o cabeçalho da seção.
Uma vez feito isso, você pode reiniciar o syncdaemon digitando
u1sdtool -q; u1sdtool -c
em um terminal.