Antes de cerca de 1999, a maioria dos computadores era projetada para inicializar apenas a partir de um disquete ou disco rígido. O CD Booting ainda era relativamente novo e geralmente dependia da especificação " El Torito " que foi incorporada o BIOS, que procuraria um registro ISO 9660 em um CD para um setor de inicialização especial e executaria alguma mágica de emulação para obter a maldita coisa de inicializar. A maioria dos computadores modernos não requer nenhuma emulação especial e "apenas funcionam". Com base no que você declarou, estou disposto a apostar que você está na categoria de hardware problemático. Além disso, nem todos os discos inicializáveis são criados igualmente - então, apenas porque alguns funcionam, nem remotamente implica que todos devam fazê-lo.
Sua melhor aposta é ver se há alguma chance de que uma atualização do BIOS esteja disponível para a placa-mãe.
Sua próxima melhor aposta é customizar algumas qualidades inicializáveis usando ISOLINUX para usar em um disquete (ou até mesmo fazer uma imagem de CD inicializável) que pode deixar o computador o suficiente para derrubar o resto da instalação do Fedora pela rede.
Para o que vale a pena, acho que rodar algo como o Feather linux em hardwares antigos é geralmente muito mais produtivo do que uma distribuição moderna como o Fedora ou o Ubuntu. Há também um "spin" leve do Fedora chamado LXDE, que pode até se adequar melhor.