O manual do Numbers (procure no site da Apple, só tenho o pdf comigo na minha área de trabalho) declara: Quando você classifica as células da tabela, os valores em linhas ocultas são levados em conta.
E você pode ver isso quando você filtra: os números de linha que correspondem ao seu filtro / classificação aparecem, ignorando os números de linha que não passam no filtro / classificação.
Existe uma solução para isso. Após a filtragem, mantenha pressionada a tecla de retorno para selecionar as células desejadas. Depois de selecionar, segure o comando-c. Em seguida, desmarque a tabela e pressione command-v para colar. Isso criará uma tabela com as linhas selecionadas e as linhas vazias. Você pode classificar as linhas e excluir as linhas vazias.
Nota: Você tem que ser muito preciso sobre as células que você quer. Se você simplesmente arrastar com o mouse, você pode acidentalmente pegar as linhas que você não se importa.
Não é a maneira mais elegante, mas pelo que vi da documentação e da minha própria experimentação, é a única maneira ... e é muito melhor do que procurar por você mesmo na planilha.