Você pode de fato.
Abra WinMerge e, em seguida, no menu Edit , escolha Options :
IssoabriráajanelaOptions(Editor),apartirdaqui,selecioneasub-opçãoEditor.AquihaveráumaseçãochamadaLineDifferenceColoringondevocêpodeselecionarcomoasdiferençasserãodestacadas.Parafazeroquevocêdeseja,verifiqueacaixaViewlinedifferenceseselecioneaopçãoCharacterlevel:

Issodestacaráoscaracteresquesãodiferentesemcadalinha.
Espero que isso possa ajudar.
