No GNOME 2.6, o gerenciador de arquivos Nautilus usa o modo de gerenciamento de arquivos "Spatial" por padrão. O que você está procurando é o modo "Navegador".
Vá para Editar → Preferências , clique na guia Comportamento e ative a opção Sempre abrir nas janelas do navegador .
(Quanto a "como no Windows" - o Windows 95 também usou o modo espacial).