Você pode limpar o histórico de Alt + F2 no editor dconf.
Instale o editor do dconf:
Pressione Alt + Ctrl + T e execute o seguinte comando:
sudo apt-get install dconf-tools
Ou pesquise por "dconf-tools" no Software Center e instale-o a partir daí.
Histórico de limpeza:
Uma vez instalado, aperte super key (tecla do windows) para abrir o Unity dash, procure por "dconf editor" e abra-o.
Navegue até Desktop > Unity > runner
e clique em "Definir como padrão" no canto inferior direito. É isso!