Os vídeos do Youtube podem ser codificados de maneira diferente para diferentes qualidades, então seria interessante saber se o problema ocorre, por exemplo, na melhor qualidade (720p), bem como no pior (144p). (Retorne a configuração para a mais alta ou automática após o teste.)
Eu baixei os dois vídeos vinculados em sua postagem e comparamos os atributos deles. Ambos são codificados em MPEG-4 com a mesma resolução de 1280x720 (desde que usei a configuração 720p).
A principal diferença é que o vídeo problemático é codificado com um taxa de bits de 1268 kb / s, enquanto a outra é de taxa de bits mais baixa de 707 kb / s. Confusamente, isso é invertido na taxa de quadros: 25 FPS versus 30.
Meu palpite é, portanto, que o Chrome em seu computador tenha, por algum motivo um problema com uma taxa de bits muito alta.
Você deve primeiro verificar se a aceleração de hardware está ativada no Chrome,
como isso passa a maioria das tarefas gráficas para a GPU.
Tente ativá-lo ou desativá-lo para ver se isso faz diferença.
Veja o artigo:
Como ativar e desativar a aceleração de hardware no Chrome .
Se isso não ajudar, verifique se o Chrome usa a CPU durante a reprodução do vídeo. Usando muito acima do 1-2% da CPU indicaria que ele falha no seu computador usar a GPU para este vídeo e voltar para a CPU, que é mais lenta e pode causar problemas.