Provavelmente não é uma solução fácil, você teria que enviar um relatório de bug para o upstream com o gnome para qualquer tipo de resolução.
FWIW Eu arquivei um relatório de bug semelhante com o gnome alguns meses atrás agora (estava usando o Fedora 15 na época).
Na minha experiência:
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Como recomendado, o tema padrão, incluindo o conjunto de ícones padrão, funciona melhor. Se você fizer personalizações, estará com maior risco de problemas.
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Existe alguma variabilidade com o driver que você usa. Pessoalmente eu uso a Nvidia. Com o driver nouveau, recebi travamentos difíceis e a única maneira de recuperar foi com uma reinicialização difícil. Com o driver nvidia, eu não recebi travamentos, mas perdi meus ícones.
Eu também tive lockups quando utilizei a pesquisa, muitas vezes eu podia recuperar reiniciando o gnome-shell ( Alt + F2 , apertando o r então Enter - você pode não ver nenhuma saída na tela durante essa seqüência de atividade do teclado), ou reiniciar o X (não foi necessário inicializar com um bloqueio quando pesquisando).
Quando isso acontece (lockups), você precisará ssh in de outra caixa e puxar os logs (para relatórios de bugs).
FWIW, aqui está um exemplo do tipo de informação que você será perguntado (provavelmente do upstream)
link
Eu sei que é antigo e do fedora, mas é o tipo de coisa que você está vendo e eu posso dizer a você por experiência pessoal o que os desenvolvedores do gnome esperarão.
FWIW, o relatório de bug que eu arquivei com o gnome.bugzilla não foi resolvido e é tão antigo que não existe mais (eu procurei).
No final do dia, foi mais fácil atualizar a placa nvidia.