Uma maneira de fazer isso é usar xdotool , por exemplo, na linha de comando:
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
Isso pesquisa janelas abertas que contêm o nome "Nome antigo" e altera seu nome para "Novo nome". Você também pesquisa por classe de janela, PID e uma variedade de outras coisas. Veja a man page do xdotool.
Provavelmente existem outras maneiras de configurar o mesmo automaticamente quando o programa inicia, dependendo do programa, e se ele usa Qt, ou GTK, ou o que.