Eu tive exatamente o mesmo problema.
É uma configuração incorreta das configurações do VLC.
Vá para Ferramentas > Efeitos & Filtros > Efeitos de vídeo > Geometria
O que provavelmente aconteceu é que ela foi acidentalmente configurada como Transform > Rodar 180 graus. Para corrigir, desmarque o botão Transformar