Entre em cada uma das pastas finais de nível superior e mova os arquivos .mp3 ou .aac abaixo da pasta para a pasta atual e, em seguida, remova as pastas agora vazias, tente:
for f in root*/folder*; do
cd $f
find -name "*mp3" -exec sh -c "mv {} \$(basename {})" \;
find -name "*aac" -exec sh -c "mv {} \$(basename {})" \;
find -type d -exec rmdir {} \;
cd -
done
Você verá erros ao tentar rmdir pastas não vazias, mas as vazias serão removidas.
Se você quiser apenas saber quais pastas de nível superior contêm subpastas com arquivos mp3 ou aac:
find -name "*mp3" -o -name "*aac" | cut -d/ -f1-3 | sort -u
Encontre todos os arquivos .mp3 ou .aac, que retornam uma série de linhas como "./root2/folder3/file4.mp3". Em seguida, use cut para remover tudo, exceto as três primeiras partes do caminho "./root2/folder3". Finalmente, use sort -u para descartar quaisquer duplicatas.