Eu não consegui encontrar o código-fonte, mas eu dei uma olhada nele. A partir do strace, fica claro que a mensagem This will only work...
é apenas a mensagem padrão que é impressa em stdout
antes que qualquer coisa seja realmente feita. Aqui está a saída importante da strace:
write(1, "[2J[0;0f\n--------\n", 20) = 20
write(1, "Welcome to xflux (f.lux for X)\n", 31) = 31
write(1, "This will only work if you're ru"..., 52) = 52
write(1, "\n", 1) = 1
socket(PF_LOCAL, SOCK_STREAM|SOCK_CLOEXEC, 0) = 3
connect(3, {sa_family=AF_LOCAL, sun_path=@"/tmp/.X11-unix/X0"}, 20) = 0
getpeername(3, {sa_family=AF_LOCAL, sun_path=@"/tmp/.X11-unix/X0"}, [20]) = 0
uname({sysname="Linux", nodename="mingus", ...}) = 0
access("/run/user/1000/gdm/Xauthority", R_OK) = 0
Você pode ver que a mensagem é impressa antes de qualquer tentativa de acessar o soquete X11. Outra boa indicação é se você o executar fora de uma sessão X; você verá exatamente a mesma mensagem seguida por:
Couldn't open display (null)