Supondo que você tenha o virtualbox-guest-utils instalado, basta executar:
/usr/bin/VBoxClient-all
E se você estiver lançando o i3 com o startx, você poderá adicioná-lo ao seu arquivo .xinitrc para ativar automaticamente a área de transferência compartilhada no i3 exec.
Observação: embora o comentário do rsynnest contenha a solução, ele é um pouco confuso / impreciso, por isso eu fiz esse comentário.