A resposta curta é sim.
Quanto mais tempo a resposta é mais complicada ...
Sim, você pode criar uma máquina virtual com o Server 2008 R2 (ou qualquer servidor Windows) e adicionar o Active Directory. Você também pode adicionar mais máquinas virtuais a ele e uni-las ao domínio.
Você pode adicionar a máquina host (a máquina física) ao domínio. No entanto, isso pode causar alguns problemas. Lembre-se de quando reiniciar o host físico - por exemplo, para algumas atualizações - all as máquinas estarão inativas. O host físico tentará aparecer primeiro e se conectar ao domínio e falhar, uma vez que a VM com o AD nele ainda não terá surgido.
Eu trabalhei em um local onde essa configuração foi implementada e foi uma grande dor de cabeça. Em uma instância, não consegui inicializar o servidor host e acabei chamando o MS para suporte. A primeira coisa que disseram foi não fazer isso. Depois de muita solução de problemas, a solução era simplesmente desconectar o cabo de rede e fazer login no servidor host localmente, então consegui que as VMs fossem iniciadas.
Eu altamente recomendo contra essa configuração, assim como a Microsoft. A dor potencial na resolução de problemas não vale a pena. Basta deixar a máquina host como um servidor autônomo.