Não vejo qual SO você está usando, mas se for o Windows 7 ou 8, você poderá usar o Bitlocker ou o EFS para criptografar toda a unidade ou pastas e arquivos neles. Você provavelmente poderia usar outro programa de criptografia para obter os mesmos resultados em um SO diferente.
O EFS somente criptografa pastas e arquivos, o bitlocker pode criptografar toda a unidade. A chave de descriptografia do EFS está vinculada a contas de usuário, o bitlocker usa certificados. Contanto que você evite que o usuário tire a chave de descriptografia ou certificado do escritório, os arquivos das unidades removíveis só poderão ser acessados em computadores com a conta ou certificado correto.
Enquanto a unidade não está bloqueada para o computador, as informações nela estarão inacessíveis para qualquer pessoa que não esteja em um computador com as chaves de descriptografia apropriadas.