Você pode usar o alvo do cron @reboot.
Edite o crontab da sua conta de usuário usando o comando crontab:
$ crontab -e
Então, em vez de minuto hora dia mês dia da semana, basta colocar @reboot
@reboot python /home/me/.hidden/command.py
Para mais informações sobre o @reboot e outras sequências especiais do cron, leia a página do crontab 5.
$ man 5 crontab