Eu tive o mesmo problema com o meu flash drive de 16 GB. Acontece que meu pen drive estava armazenando alguns arquivos em .trashes. Você deve ir na linha de comando e navegar para a sua unidade. Em seguida, use o comando "dir" para ver tudo nessa unidade. Você pode então remover arquivos manualmente usando "del".
Se você preferir não usar a linha de comando, tente o programa do UtahJarHead.