O problema em colocar / home em um disco giratório é que um monte de coisas que poderiam tirar proveito do SSD (como todos os pequenos arquivos que seu navegador usa, por exemplo) estaria no HDD em vez do SSD, você pode mitigar isso usando alguns links simbólicos:
- Como faço para criar links simbólicos de diretórios em / home para um SSD?
- O que em / home seria se beneficia de estar em um SSD?
Nesse caso, é melhor você colocar todos os ~.config
no SSD. Eu não me preocuparia em manter as gravações no mínimo, unidades SSD mais novas não têm esse problema.