Não encontrei nenhuma informação detalhada sobre "o WinSCP verificando continuamente as alterações e o upload de arquivos alterados", mas é difícil acreditar que seria mais eficaz do que o rsync.
Se você está procurando uma solução quase em tempo real (ou seja, um trabalho cron do rsync a cada minuto não é suficiente para o seu propósito), algo como lsyncd ou rsync-inotify ou pirsyncd seria adequado. Google " rsync inotify " para mais opções.