O Windows possui um recurso interno mapeador de scancode se você não deseja usar ferramentas de terceiros.
Execute o seguinte comando como Administrador e reinicie o PC para desativar as teclas F1-F12:
REG ADD "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout" /v "Scancode Map" /t "REG_BINARY" /d "00000000000000000D00000000003B0000003C0000003D0000003E0000003F000000400000004100000042000000430000004400000057000000580000000000" /f
Para restaurar o mapeamento padrão (também execute como Administrador e reinicialize):
REG DELETE "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout" /v "Scancode Map" /f