Acho que você ativou a configuração "Estilo do Quake". Eu fiz a mesma coisa quando comecei a usar o ConEmu.
Abra a janela de configurações. (Uma maneira é clicar com o botão direito do mouse no espaço em branco à direita das guias e clicar em Configurações ...) Na página "Aparência", na parte inferior, há uma caixa de seleção que diz "Deslizar o estilo do Quake". Desmarque essa caixa e você terá uma janela normal que pode ser movida.
Caso você não o tenha encontrado, aqui está um link para a página Configurações da documentação do ConEmu .