Parâmetros de linha de comando padrão do PuTTY não mencionam nenhum opções para especificar um tamanho de janela ou um tamanho de fonte.
No entanto, você pode especificar um perfil para carregar e que pode ser usado para realizar o que você está procurando. Um perfil é basicamente uma coleção de configurações, incluindo propriedades da janela, nome do servidor remoto, chaves de autenticação e muito mais. Algumas dessas configurações, como o nome do servidor, podem ser deixadas em branco, se desejado.
Crie um perfil usando a GUI. Para alterar o tamanho da janela, vá para a tela de opções da janela. (Isso é acima da tela "Aparência". A palavra "Janela" é uma categoria que está acima de outras telas na hierarquia. Mas também é uma tela de opções). tamanho desejado, vá para a tela "Sessão", digite o nome de uma sessão e clique em "Salvar". Isso cria o perfil.
Em seguida, use:
PuTTY -load "sessionName"
Personalize a peça após o -load e entre as aspas. Especifique o caminho completo para o PuTTY, conforme necessário.
Mais alguma documentação oficial para você: PuTTY: Especificando uma sessão para começar com .