Não, não há diferença real além da organização. Pelo menos, não deveria haver.
Eu definitivamente tive problemas com programas que não podem lidar com (
e )
em seus nomes de caminho, ou estão mal programados e só funcionam a partir de C:\Program Files\
. Você pode instalar os programas onde quiser ou onde quer que eles estejam instalados para funcionar.