Eu já encontrei o problema. Os monitores LCD usam uma frequência conhecida como PWM (modulação por largura de pulso). A luz de fundo da tela pisca nessa freqüência, na maioria dos monitores fica entre 200hz e 500hz.
Minha distribuição Linux define uma freqüência PWM baixa por padrão, é por isso que todo o cansaço visual. Felizmente, os drivers da Intel gpu podem alterar a frequência do PWM.
Você precisa instalar o intel-gpu-tools
Primeiro você precisa saber o seu relógio de referência, este é armazenado no endereço 0xC6204. Você pode ler valores com o comando intel_reg_read, então para ler o valor você pode usar o comando:
intel_reg_read 0xC6204
Quando você souber o relógio de referência, poderá usar a calculadora em este página para calcular o valor desejado. Eu usei 500 mhz, então eu tenho 0x7a107a1.
O endereço para o valor PWM é 0xC8254, você pode definir valores com intel_reg_write, assim você pode usar:
intel_reg_write 0xC8254 0x7a107a1
Você pode ver as alterações imediatamente. (Às vezes, o brilho da tela pode mudar, mas isso é ok, a freqüência PWM também muda)
Espero que essa informação possa ser útil para qualquer pessoa que precise dela.