Então parece que eu tinha tudo configurado corretamente, mas não estava usando o comando correto para deixar o git saber quais arquivos eu queria comparar.
Alterando isso:
git difftool Readme.txt
Para isso:
git difftool head~2 Readme.txt
Estou pronto para iniciar o bc3 e as últimas duas versões do meu arquivo são exibidas nos painéis esquerdo e direito do bc3.