Diferentes terminais estão executando instâncias diferentes do seu $SHELL (que é BASH provavelmente desde que você esteja no OSX). Cada instância mantém seu próprio histórico, que é concatenado no histórico de sessão global quando essa instância BASH específica é encerrada.
Você pode tentar isso abrindo dois terminais, executando alguns comandos, fechando os dois terminais e abrindo um terceiro. Os comandos dos dois terminais anteriores (agora fechados) estarão agora no seu histórico.
Também há algumas opções BASH para remover comandos duplicados, veja seu $HOME/.bashrc e verifique se você tem uma linha como:
export HISTCONTROL=ignoredups
Essa opção diz ao BASH para não salvar comandos duplicados. Então, se você executar ls 10 vezes, ele será salvo apenas uma vez.