O superusuário sempre poderá ler qualquer arquivo. E poderá alterar o proprietário ou as permissões de qualquer arquivo, independentemente do proprietário original.
Então, sim, você pode acessar esses arquivos usando o superusuário e pode alterar as permissões ou o proprietário para poder acessá-los com seu próprio usuário comum.
Isso é realmente muito útil, por exemplo, para fazer backups, o root pode fazer um backup de toda a unidade, independentemente de qualquer permissão, e você ficará agradecido por isso mais tarde se perder alguma coisa.
Em relação à sua preocupação com a segurança, qualquer pessoa que tenha acesso físico a qualquer unidade poderá acessar, de uma forma ou de outra, os dados contidos nela. Se você está realmente preocupado com isso, você pode criptografar os dados, então, mesmo que o superusuário possa acessá-los, não haverá nada útil se ele não souber a chave.