Eu acredito que o MySQL Workbench é o que você está procurando.
Eu tenho um grande banco de dados SQL (multi-gigabyte) em um servidor externo. Eu posso acessá-lo através do SSH, mas a consulta manual dos dados será um grande problema. Eu realmente preciso de uma interface gráfica.
Estou usando o Ubuntu 13.04, mas não consigo encontrar nenhum aplicativo com uma GUI que me permita fazer isso. Alguém pode recomendar um?
Eu acredito que o MySQL Workbench é o que você está procurando.
Interface web: PHPMyAdmin - Trazendo o MySQL para a Web
As melhores que eu usei são:
Você pode usar o SQLyog no wine no Ubuntu.