Nenhum FTP / VPN ou SFTP será mais rápido que o outro em arquivos grandes. O SFTP / VPN vai criptografar duas vezes, por isso vai custar mais recursos - mas é provável que a largura de banda seja restrita de qualquer forma, portanto, o custo extra da CPU provavelmente não diminuirá o processo geral.
O SFTP e a VPN têm maneiras mais fáceis: com o SFTP, você tem uma ferramenta para depender e a visibilidade direta de cada erro no remetente. Isso torna mais fácil depurar, diagnosticar problemas e fornecer bons relatórios de erros.
Por outro lado, uma VPN significa que você pode delegar o problema de "segurança confiável" a algo diferente de sua ferramenta de transferência de dados, reduzindo a sobrecarga se seus requisitos mudarem e talvez um transporte mais robusto se você usar, por exemplo, uma solução de hardware bem testada.
Outra possível diferença é a compactação: o SFTP pode compactar dados em trânsito, portanto, se a sua VPN não ajudar a acelerar a transferência geral ... ou talvez não. Se ambos compactarem e você transportar arquivos semelhantes, mas distintos, o SFTP perderá o estado do compressor que a VPN pode reter, portanto, você poderá ver melhores resultados lá - mas acho improvável que eles sejam estatisticamente significativos no longo prazo.
Geralmente, acho a simplicidade a melhor escolha, e uma ferramenta parece mais simples para mim, a menos que você tenha um departamento de TI que assumirá toda a propriedade da VPN. Você pode pesar esses fatores de maneira diferente.