Este site realmente funciona melhor uma pergunta de cada vez. Mas neste caso, eles são muito relacionados, então acho que está tudo bem.
Durante a instalação do Windows, você não precisa abrir espaço para o Ubuntu - independentemente de estar instalando normalmente ou usando o Wubi. Mais tarde, quando você instalar o Ubuntu, você terá a opção de decidir quanto vai para o Ubuntu. No caso de uma instalação normal, redimensionará automaticamente a partição do Windows para você. Você só usa um controle deslizante para decidir quanto vai para o Windows e quanto vai para o Ubuntu. No caso do Wubi, você seleciona o tamanho da imagem do disco.
Pelo menos por padrão, o instalador do Ubuntu usa um único sistema de arquivos para o seu sistema Ubuntu, incluindo sua casa, então você não precisa escolher isso.
Eu pessoalmente não recomendaria usar o Wubi. A verdade simples é que é usada por tão poucas pessoas, o teste é muito pobre e, conseqüentemente, há vários problemas com isso. Se, por algum motivo, você não puder usar o instalador normal, tudo bem, mas se você puder usar o instalador normal e instalar a partir de um dispositivo USB ou CD / DVD, é sempre preferível. O processo de instalação é tão simples.
A grande diferença entre uma instalação do wubi e uma instalação normal é que a instalação do wubi não usa uma partição no seu disco rígido, mas armazena tudo em uma imagem de disco localizada no sistema de arquivos do Windows. Isso geralmente causa alguns problemas. Por exemplo, no caso de falta de energia, sua imagem de disco pode ficar "perdida", fazendo com que você não consiga inicializar o Ubuntu e você terá que recuperar manualmente o arquivo - isso não é direto.
Então, no geral, recomendo que você instale o Ubuntu usando o instalador normal e não o Wubi. E se tudo correr bem ao limpar todo o disco durante a instalação do Windows, basta dizer ao instalador para usar todo o espaço disponível. Mais tarde, quando você instala o Ubuntu, você diz quanto espaço deseja. Ou você pode simplesmente deixar o espaço vazio - não particionado - enquanto instala o Windows e dizer ao instalador do Ubuntu para usar o espaço livre. Qualquer abordagem é boa, embora a primeira seja um pouco mais rápida.