Pelo que sei, você não pode combinar SATA da placa-mãe com o SATA de uma placa de expansão para criar um único conjunto de RAIDs de hardware. Mas, considere que cada unidade vai adicionar cerca de 30 watts de empate no spinup. Então, ali, são cerca de 180 watts apenas para as 6 unidades. Se você está usando uma placa Mini ITX, você provavelmente não está usando uma grande fonte de alimentação ... o que ... 160 watts no máximo? Então, antes de tentar RAID em dois chips controladores diferentes, a energia será um grande problema.
EDITAR Como o Journeyman Geek aponta, você ainda deve ser capaz de configurar um software RAID. Qual é o que você perguntou sobre ...
Software RAID has one further important distinguishing feature: it operates on a partition-by-partition basis, where a number of individual disk partitions are ganged together to create a RAID partition. This is in contrast to most hardware RAID solutions, which gang together entire disk drives into an array. With hardware, the fact that there is a RAID array is transparent to the operating system, which tends to simplify management. With software, there are far more configuration options and choices, tending to complicate matters.
Realizar isso no barramento da placa de expansão também afetará o desempenho.