Você deve definitivamente considerar colocar os arquivos de origem em um sistema de controle de versão, essa é a primeira prioridade. Onde você os coloca no seu disco é a sua escolha, e o diretório pessoal é uma boa e estabelecida posição para os arquivos com os quais você trabalha.
Os módulos do kernel construídos pertencem ao caminho do módulo, / lib / modules / $ {KERNEL_VERSION}. Eu não posso te dar muita informação onde exatamente lá, mas eles devem ser carregados em qualquer caso.