No Chrome 53, os alertas popup não estão aparecendo.
Eu testei com versões de 48 a 53 (obtidas de aqui ) e concluiu que era o Chrome 53 tem esse problema.
Eu também testei com novo perfil.
O Chrome 53 vem com o Material Design UI, que eu pensei que estava causando isso, mas desativando-o não ajudou.
Aqui está um vídeo. Na guia do console, eu digito um simples alert('hi') e pressiono enter e ele não aparece. Está lá, mas não visível, porque tira o controle e não consigo mais digitar na guia do console. Eu continuo clicando por aí (não mostrado no vídeo) e finalmente consigo dizer ao pop-up (invisível) para ir embora pressionando Escape ponto em que eu posso digitar novamente:
Alguém mais está passando por isso?
PS: O mesmo com o pop-up do perfil que vem do botão no canto superior direito.
Comecei a ver o mesmo comportamento um mês ou dois atrás e finalmente encontrei uma correção para isso hoje. Parece haver algum problema com o driver de vídeo ou com o uso da aceleração do DirectX pelo Chrome.
Você pode corrigir o problema desativando "Usar aceleração de hardware quando disponível" e reiniciar o Chrome.
Também vou tentar atualizar meu driver de vídeo para ver se isso ajuda, mas, caso contrário, a solução acima parece funcionar perfeitamente para mim.
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