Você pode usar o programa cliente lftp e usar um script FTP.
lftp suporta o arquivo de configuração ~/.netrc , no qual você pode armazenar suas credenciais:
machine <hostname> login <user> password <password>
Você pode armazenar uma seqüência de comandos FTP em um arquivo e ter lftp executá-los, como:
open <hostname>
cd /var/tmp
put /root/file optional_new_filename
O caminho em cd está no host remoto, o primeiro argumento para put é o arquivo local.
Em seguida, basta executar
lftp -f <filename>