Em palavras muito simples:
Um aplicativo da web escrito em, digamos, javascript é executado pelo navegador. O navegador, por sua vez, é executado em uma sandbox no sistema operacional no hardware
No caso do cliente nativo, o código é executado diretamente no sandbox em vez do navegador, reduzindo assim uma camada abaixo dele. Por causa disso, a execução do código será mais rápida
Nota: Esta resposta não é 100% precisa, mas explica a diferença (ou quase tudo)
Se a resposta estiver errada, sinta-se à vontade para me corrigir