Aqui está a parte relevante da minha (não modificada) filetype.vim :
" Apache config file
au BufNewFile,BufRead .htaccess,/etc/httpd/*.conf setf apache
au BufNewFile,BufRead httpd.conf*,srm.conf*,access.conf*,apache.conf*,apache2.conf*,/etc/apache2/*.conf*,/etc/httpd/conf.d/*.conf* call s:StarSetf('apache')
Como você pode ver, ele corresponde apenas a arquivos .conf específicos, como httpd.conf e .conf em diretórios específicos. Isso ocorre porque o Apache não é o único software que usa arquivos .conf .
Você pode adicionar um autocommand para seu próprio arquivo .conf ou, se for apenas um, executar :setf apache .