Alterar a visibilidade do ícone da área de trabalho transmite uma mensagem especial para todos os programas ( WM_SETTINGCHANGE com um LPARAM de "ShellState"), dizendo-lhes para atualizar suas configurações de sistema em cache - isso é bastante trabalho. É possível que o atraso seja causado por partes mal escritas do Explorer do XP que foram otimizadas para rodar mais rápido no Vista.
Para piorar as coisas, no XP, a mensagem WM_SETTINGCHANGE é enviada desnecessariamente duas vezes.