Não tenho certeza sobre automaticamente, ou mesmo com o Windows 7, mas no Vista o seguinte funcionará como um método manual:
Menu Iniciar - msconfig - selecione a guia Inicializar e clique em Avançado.
Defina o número de núcleos do processador para a quantidade necessária e assegure-se de que Detectar HAL esteja selecionado. Clique OK. Reinicie.
A única coisa que você pode encontrar é que um núcleo de processador usa quase toda a energia se estiver ocioso. Se não estiver em marcha lenta, os núcleos reduzidos podem levar muito mais tempo para concluir uma tarefa e usar quase a mesma quantidade de energia.
Se o seu (laptop?) permitir, você faria melhor para ajustar a voltagem do núcleo do processador. Melhor ainda, defina o valor máximo de energia nas opções de energia para uma quantidade reduzida (digamos, 50%).