O WinMerge irá comparar dois diretórios (recursivamente se você quiser) e informar quais itens são diferentes. Acho útil entrar nas opções e desativar a exibição de itens idênticos. Isso permite que as diferenças se destaquem. Se não houver diferenças, isso também dirá.
Do site: " WinMerge é uma ferramenta de diferenciação e mesclagem de código aberto para Windows. O WinMerge pode comparar pastas e arquivos, apresentando diferenças em um formato de texto visual que é fácil de entender e manipular. "