No UNIX, quando você executa um comando, o shell salva o caminho onde encontrou o binário. Se você alterar o caminho ou instalar uma versão diferente no diretório anterior no caminho, o shell não o encontrará, porque na verdade ele não procura por comandos que já tenha encontrado.
Se você tivesse digitado hash -r
antes de comparar qual vim e vim, então você não teria visto esta discrepância.