Na verdade, depois de analisar várias respostas através de pesquisas do Google e passar horas analisando o meu problema com marcadores importados criando uma pasta por site que eu tinha em meus favoritos, parece que finalmente resolvi o problema. Aqui está o que eu fiz para consertar isso. Espero que também funcione para você e poupe algum tempo procurando uma solução.
Estou usando o sistema operacional Windows 7. Tenha em atenção que estes passos eliminam TODOS os marcadores do Google Chrome do seu navegador. Em seguida, você importará do IE (ou de qualquer navegador que escolher) para ter uma cópia limpa sem marcadores duplicados sendo exibidos no Chrome. Por favor, note os passos são fáceis. Eu acabei de dividi-los para ser muito específico e claro em várias etapas para obter melhores resultados.
Se você tiver mais de um computador com esse problema, siga estas etapas em todos os computadores ao mesmo tempo. Caso contrário, os marcadores em um computador atrapalharão os outros quando você fizer login no Chrome (e você terá duplicatas novamente).
1) Vá até o menu do Chrome, usando o ícone no canto superior direito, e selecione Configurações. Na seção Login, clique no link "Google Dashboard".
2) Na tela do Google Dashboard, pressione o botão "Parar e Limpar" e confirme selecionando "OK" na próxima janela.
3) Após a conclusão da conclusão do Painel do Google, na tela Configurações, pressione o botão "Desconectar sua Conta do Google ...". Em seguida, confirme com "Desconectar conta" na próxima janela.
4) Saia de TODAS as janelas do navegador Chrome.
5) Vá para o seu C: Drive e procure por "Bookmarks" no campo Search.
6) Clique com o botão direito do mouse no resultado que diz "C: \ Usuários \ nome do usuário \ AppData \ Local \ Google \ Chrome \ Dados do usuário \ Padrão" e selecione o item de menu "Abrir local do arquivo".
7) Exclua os arquivos Bookmarks e Bookmarks.bak.
8) Abra uma janela do navegador Chrome. Você notará que não há favoritos, mas há um link na parte superior informando que você pode importar seus favoritos. Clique nesse link e siga as instruções para importar de qualquer janela do navegador que você escolher. Seus favoritos serão exibidos assim que todos tiverem sido importados.
9) Na tela Configurações, pressione o botão "Fazer login no Chrome" e insira seu e-mail e senha do Google. Em seguida, confirme com "OK, sincronizar tudo" na próxima janela.
10) Aí vai ... Agora os favoritos devem estar corretos e agora eles são enviados para sua Conta do Google para facilitar a sincronização com outros computadores. Você pode desativar a sincronização temporária ou permanentemente para preservar sua lista de favoritos.
Aproveite o seu dia. Eu sei que vou agora que finalmente descobri isso!