Altere sua estratégia de processamento de documentos. Não "coloque" as imagens dentro do documento. Mantenha as imagens em um diretório e construa o documento para que ele possa ser acessado quando for compilado.
Meu primeiro pensamento foi que você deveria usar o LaTeX para isso, é o que eu faria. Se você estiver indo em direção a algo que mostrará a outras pessoas, isso dará uma saída com qualidade de publicação. Se você quiser um bom processador WYSIWYG para documentos LaTeX, você deve usar o LyX que permite que você organize o documento apontando e clicar e também lhe dá acesso ao potencial completo e mais avançado do LaTeX, caso você precise dele em alguns lugares (isolados).
Mas espero que a maioria dos sistemas de documentos possa fazer isso. Você realmente não precisa do LaTeX. Você só precisa de algum sistema que não tente absorver todas as imagens em um arquivo gigantesco. Talvez outros aqui possam aconselhá-lo sobre isso.
Eu aposto que o LibreOffice tem uma maneira de NÃO "incluir" (incorporar?) as imagens dentro do documento mestre, mas apenas se referir a elas para compilação.
Eu ficaria tentado a escrever isso em HTML ou em um documento do Markdown, talvez.
Qualquer coisa que não absorva os arquivos de imagem separados será muito melhor.