Eu encontrei um problema semelhante hoje e nenhuma das correções comuns estavam funcionando para mim também.
Eu finalmente consegui resolvê-lo clicando com o botão direito do mouse na área de trabalho e, em seguida, clicando em "Abrir Terminal" e usei o seguinte comando:
mv ~/.cache/compizconfig-1 ~/.cache/compizconfig-OLD
Depois de fazer isso, simplesmente digitando o seguinte trouxe de volta o desktop completo da unidade:
setsid unity
Espero que isso possa ajudar você ou outros usuários que sofrem sintomas semelhantes, parece que houve algum problema com o cache do compizconfig, talvez um arquivo tenha se tornado corrompido de alguma forma não seguro.