Eu encontrei o mesmo problema há algumas semanas. A solução que encontrei para resolver esse problema é básica, mas funciona: dentro do Shotwell, faça uma nova pesquisa salva que exiba todas as imagens não marcadas E com nomes de arquivos terminados em "_1.jpg". Você pode então apagar todos os arquivos listados por Shotwell para esta pesquisa, mas tenha cuidado, faça um backup antes ;-) No meu caso eu deletei mais de 2000 fotos!