A maneira mais segura seria procurar nos logs do seu servidor FTP uma mensagem de "transferência concluída" (depende do software).
Se isso não for possível, apenas processe arquivos que não foram tocados por algum tempo seguro, digamos 10 minutos. Use find
para obter uma lista desses arquivos, por exemplo por 10 minutos e seus uploads em $UPLOAD_DIR
find $UPLOAD_DIR -amin +10
O +
significa "mais que". Veja man 1 find
para mais informações.