O programa antivírus não sabe a senha, por isso não pode verificar se há um vírus no interior.
Portanto, ele alerta que não é possível verificar se há um vírus.
Provavelmente, isso impede que os invasores enviem a você um arquivo protegido por senha por e-mail e incluam a senha no e-mail.
Um vírus pode infectar um arquivo protegido por senha, substituindo todo o arquivo por um novo contendo o vírus (destruindo o que estava no arquivo original) ou quebrando a senha. (Isso dependerá da segurança da sua senha e da intensidade da criptografia)
A proteção do arquivamento por senha não impedirá que um vírus seja completamente excluído. (Não há diferença entre excluir um arquivo protegido por senha e excluir qualquer arquivo normal)