Não tenho certeza de que você notará qualquer diferença no desempenho do seu sistema tendo uma partição grande ou várias menores, e acho que se alguma coisa com mais partições diminuir o seu sistema, as cabeças do disco rígido tem mais para viajar e para trás. Ter partições separadas também é menos eficiente em termos de espaço, já que você acaba deixando grandes lacunas para que cada partição tenha espaço de sobra, e recuperar esse espaço quando uma partição é preenchida é uma dor.
Eu teria duas partições, uma para dados e outra para o material do sistema. Isso é apenas para fazer backup dos dados / reinstalar o Windows (se necessário) mais fácil de manusear.